François, fils aîné du duc Jean de Borgia, naquit en 1510 à Gandie, dans le royaume de Valence. Après une éducation raffinée à la cour de l'empereur Charles-Quint, il épousa en 1529 Éléonore de Castro, dont il eut huit fils. En 1542, il succéda à son père comme duc de Gandie ; mais après la mort de sa femme il renonça à son duché et, ses études de théologie achevées, fut ordonné prêtre en 1551.

Entré dans la Compagnie, il fut élu troisième Général en 1565. Il fit beaucoup pour la formation et la vie spirituelle de ses religieux, pour les collèges qu'il fit fonder en divers lieux et pour les missions. Il mourut à Rome le 30 septembre 1572 et fut canonisé par Clément X en 1671.