Le Collège est dirigé par le Recteur, secondé par le Vice-recteur, le père préfet spirituel, les préfets de niveau et le directeur délégué du Collège Saint-Grégoire (ces personnes constituent le Conseil de préfecture [1]) ; assisté par le Conseil de gestion [2], le Conseil de Collège [3] et le Conseil d’enseignement [4].